為了消滅體內的癌細胞，不可避免需要經歷治療，不管是手術、化學/標靶治療或放射線治療，或多或少會發生副作用或出現併發症。副作用是當治療影響到健康的組織或器官時發生的問題，較常見；而併發症可能來自副作用或因檢查、治療引起的其他病症，常較嚴重，可能會使疾病或狀況惡化，甚至可致命。
治療期間應留意身體的狀況與變化，像是發燒、昏睡、水腫、心律不整、抽筋、痙攣等症狀，詳細記錄並通報醫護人員，作好衛生管理，盡可能減少副作用與併發症的發生而影響治療。
化學治療除了傷害癌細胞之外，也會影響生長中的正常細胞，如頭髮、腸胃道、血球與生殖細胞，這也是化療常出現口腔黏膜潰瘍、噁心嘔吐、腹瀉或便秘、感染的原因。多數副作用是短期、暫時的，當治療結束可慢慢恢復。
化療有些長期影響，如肺部病變、生育能力的降低甚至不孕等影響。有些化療藥物會降低男性精蟲數目及活動力、傷害女性的卵巢及荷爾蒙分泌，使月經週期混亂甚至停經。在治療之前，可與醫護人員討論可能不孕的問題，有需要可預先冷凍精子、卵子或胚胎。有些藥物會導致胎兒先天性畸形，治療期間應採取避孕措施。
| 化學/標靶治療的影響 | 產生的副作用 |
| 消化系統： 口腔、食道、胃、腸道 |
噁心、嘔吐、味覺改變、食慾下降、嘴破、喉嚨痛、腸胃炎、腹瀉、便秘 |
| 皮膚及毛囊 | 掉髮、皮膚乾燥、手足症候群、指甲變化、毛囊炎、紅疹 |
| 骨髓造血系統： 白血球、紅血球、血小板 |
貧血（紅血球減少）、易感染（白血球降低）、容易出血（血小板減少） |
| 神經及肌肉系統 | 末梢神經病變、手腳刺痛感、灼熱感、無力或麻木感 |
*相關副作用照護方式可參閱癌症希望基金會《面對化學治療》《面對標靶治療》手冊
癌症治療併發症如感染、腫瘤溶解症候群、藥物過敏等。
感染化學治療會使病人體內白血球數量降低，導致免疫力低下而易受到感染，嚴重時可能出現敗血症等恐危及生命的併發症。
腫瘤溶解症候群化學治療造成腫瘤細胞大量凋亡，細胞內蛋白質快速釋放，而造成的代謝性異常，症狀如噁心嘔吐、昏睡、水腫、心律不整、肌肉痙攣、癲癇等，嚴重時可能致命。於治療期間採取預防性措施，且密集監控電解質變化，建議病人要多補充水分。
藥物過敏反應治療前會預防性給予抗組織胺、類固醇來降低藥物過敏，但當出現下列相關症狀，請立即連繫醫護人員處理。
1. 急性過敏：出現呼吸急促、身體發熱或發燒、蕁麻疹等反應。
2. 史蒂芬強森症候群：因嚴重過敏反應而導致皮膚廣泛性脫落、壞死及黏膜糜爛等狀況。